En Bourgogne-Franche-Comté, on peut aussi pêcher la carpe commune qui fréquente des habitats plutôt vaseux et affectionne également la surface des étangs quand la température de l’eau augmente. La pêche au bouchon et au lancer sont les deux styles de pêche qui permettent d’avoir les meilleurs résultats pour pêcher des carpes en étang. Autre poisson présent en Bourgogne-Franche-Comté, la tanche. Ce poisson qui vit au fond les étangs peu profonds et dans les cours d’eau lents est recherché pour la saveur de sa chair. Sa taille varie de 20 à 65 cm pour un poids de 200 à 400g jusqu’à 4 kg. La pêche de la tanche se pratique au coup, à l’aide d’amorce et d’esche comme les asticots, maïs et autres graines. La truite Fario est présente en Bourgogne dans presque toutes les têtes de bassin. En Côte-d’Or, la truite est bien présente dans des secteurs comme le Châtillonnais, le Morvan ou encore l’Auxois. La truite Fario est probablement le poisson le plus abondant dans les cours d’eau du Morvan. Ce poisson vit dans les eaux froides et bien oxygénées, dans tous les secteurs amonts des rivières, dans les torrents et les lacs de montagne. Elle se pêche au toc, au lancer ou la mouche.
Dans les eaux de la région, on trouve aussi des carnassiers (brochet, sandre, black-bass, silure et perche). Le brochet est un grand poisson d’eau douce carnassier qui mesure de 0,30 à 1,10 m pour un poids moyen de 10 kg mais qui peut dépasser les 30 kg pour des individus mesurant jusqu’à 1,30 m. Le brochet est souvent pêché au leurre. Autre carnassier présent en Bourgogne-Franche-Comté, le silure. Le silure, énorme poisson carnassier, a une taille moyenne de 1,5 m. Il peut se pêcher avec de multiples techniques (pêche au leurre, pêche au posé…). La perche est un poisson carnassier qui vit dans les eaux stagnantes et sur les cours inférieurs des rivières avec des eaux à courant modéré. La taille courante de la perche peut varier entre 20 et 30 cm pour un poids de 0,5 à 1,5 kg.